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腸内環境を改善するには、野菜や海藻、豆を多く取り、肉を食べ過ぎないようにすることが大切である。健康な人の腸では、善玉菌の割合が2割以上、悪玉菌が1割以下になっている。それ以外は日和見菌と呼ばれ、善玉菌が優勢であれば似た働きをしてくれるが、悪玉菌が優勢だと逆の性格を持ってしまう。
野菜などに含まれる食物繊維は今では第六の栄養素と呼ばれる。厚生労働省は「日本人の食事摂取基準」で1日の目標量を男性19グラム以上、女性17グラム以上と定め、1日に350グラム以上の野菜を取ることを目標にしている。腸の働きを活発にする働きもあるので、便秘気味の場合は食物繊維を多く含む食材を積極的に取り善玉菌が増えやすい食事を心がけたい。日本人が1日に出す便の量は平均で125~180グラムだが、肉中心の欧米人だと100グラム以下に減る人が多い。食生活が改善されると、これが200~300グラムまで増えるという。
便の色は黒みがかった色から黄土色になれば、善玉菌が増えてきたことになる。